V farmacevtski industriji imajo plastične škatle tudi pomembno uporabo. Embalaža farmacevtskih izdelkov mora biti vodoodporna, odporna na vlago in oksidacijo ter mora biti tesno zaprta, da se zagotovi kakovost in učinkovitost zdravil.
Plastične škatle se lahko uporabljajo tako za pakiranje tablet, kot tudi za pakiranje dobro odtehtanih praškov, zdravil itd. Poleg tega lahko nekatere medicinske pripomočke tudi pakiramo in transportiramo v plastičnih škatlah.